สำนักงานศึกษาธิการจังหวัดยะลา จัดตั้งตามคำสั่ง หัวหน้าคณะรักษาความสงบแห่งชาติ ที่ 11/2559  สั่ง ณ วันที่ 21 มีนาคม พุทธศักราช 2559 สังกัดสํานักงานปลัดกระทรวง  กระทรวงศึกษาธิการ เพื่อปฏิบัติภารกิจของกระทรวงศึกษาธิการ เกี่ยวกับการบริหารและการจัดการศึกษา ตามที่กฎหมายกําหนด 

                 สำนักงานศึกษาธิการจังหวัดยะลา ปัจจุบันตั้งอยู่ เลขที่ 3/4 ถนน อาคารสงเคราะห์  ตำบล สะเตง  อำเภอเมืองยะลา จังหวัดยะลา ซึ่งเป็นอาคารที่ได้รับการอนุเคราะห์จากสำนักงานศึกษาธิการภาค 7 ให้ใช้อาคารศูนย์การศึกษาพิเศษ เขตการศึกษา 2 จังหวัดยะลา เป็นอาคารทำการ มีภารกิจรับผิดชอบการบริหารจัดการศึกษาในพื้นที่จังหวัดยะลา เกี่ยวกับการเป็นหน่วยงานกลางในการส่งเสริม สนับสนุน อำนวยการ และพัฒนาการศึกษาแบบร่วมมือและบูรณาการกับหน่วยงานในสังกัดกระทรวงศึกษาธิการและหน่วยงานอื่นหรือภาคส่วนที่เกี่ยวข้องในพื้นที่จังหวัดยะลา ปฏิบัติหน้าที่ขับเคลื่อน เชื่อมโยงนโยบายและยุทธศาสตร์ของกระทรวงศึกษาธิการ ไปสู่การปฏิบัติในระดับจังหวัดยะลา เพื่อเพิ่มประสิทธิภาพในการจัดการศึกษาตามนโยบายและยุทธศาสตร์ของกระทรวงศึกษาธิการ รวมทั้งเป็นเครือข่ายตามพันธกิจของหน่วยงานในสำนักงานปลัดกระทรวงศึกษาธิการตามที่ได้รับมอบหมาย